Dalam otonomi daerah, daerah kabupaten dan provinsi disebut daerah otonom. Dengan demikian, sebutan Daerah Tingkat I (untuk provinsi) dan Daerah Tingkat II (untuk kabupaten) sudah tidak diberlakukan lagi.
Kota juga terdiri atas beberapa kecamatan. Pemerintahan kota juga termasuk daerah tingkat II, tetapi kepala daerahnya disebut wali kota. Ada pemerintah kota yang mempunyai anggota DPRD, tetapi ada yang tidak. Pemerintahan kota yang tidak mempunyai anggota DPRD, misalnya di Jakarta.
A. Susunan Organisasi Pemerintahan Kabupaten/Kota
Menurut Undang-Undang Republik Indonesia No. 32 Tahun 2004 yang dimaksud pemerintah daerah adalah penyelenggaraan urusan pemerintah oleh pemerintah daerah dan Dewan Perwakilan Rakyat Daerah (DPRD) menurut asas otonomi dan tugas perbantuan. Adapun pemerintah tingkat kabupaten atau kota adalah bupati atau wali kota, wakil bupati atau wakil wali kota, dan perangkat daerah kabupaten atau kota
Perangkat daerah kabupaten atau kota meliputi sekretaris daerah (sekda), asisten, kepala bagian, dan
kepala subbagian. Adapun lembaga-lembaga daerah kabupaten/kota adalah sebagai berikut.
1. Bupati/Walikota
Pemerintah daerah terdiri atas kepala daerah dan wakil kepala daerah. Kepala daerah dibantu oleh seorang wakil kepala daerah. Kepala daerah kabupaten/kota disebut bupati/walikota dan wakilnya disebut wakil bupati/wakil walikota. Kepala daerah dipilih oleh rakyat secara langsung melalui Pemilihan Kepala Daerah atau Pilkada. Masa jabatan kepala daerah adalah lima (5) Tahun. Bupati atau wali kota mempunyai tugas dan wewenang berikut.
- Memimpin penyelenggaraan pemerintahan daerah kabupaten/ kota berdasarkan kebijakan yang ditetapkan bersama DPRD kabupaten/kota.
- Mengajukan rancangan peraturan daerah (perda).
- Menetapkan perda yang telah mendapat persetujuan bersama DPRD.
- Menyusun dan mengajukan rancangan perda tentang APBD kepada DPRD.
DPRD Kabupaten/Kota merupakan lembaga perwakilan rakyat daerah kabupaten yang memiliki fungsi legislasi (penyusunan peraturan daerah), anggaran, dan pengawasan. Tugas dan kewajiban DPRD kabupaten/kota:
- Melaksanakan demokrasi di wilayah kabupaten/kota,
- Memperjuangkan peningkatan kesejahteraan rakyat di daerah,
- Menyerap, menampung, menghimpun, dan menindaklanjuti aspirasi (gagasan masyarakat).
Perangkat daerah kabupaten/kota terdiri atas sekretaris daerah (sekda), asisten daerah, kepala bagian, dan kepala subbagian.
- Sekretaris daerah (sekda) memimpin sekretariat daerah yang berada di bawahnya dan bertanggung jawab langsung kepada bupati/walikota.
- Asisten daerah membantu sekretaris daerah sesuai bidangnya masing-masing. Asisten daerah terdiri atas: a) asisten tata praja, b) asisten pembangunan, dan c) asisten administrasi.
- Asisten daerah dibantu beberapa kepala bagian (kabbag). Kepala bagian melaksanakan tugasnya sesuai dengan bidangnya masing-masing. Kepala bagian dibantu beberapa kepala subbagian (kasubbag). Adapun bagian-bagian di bawah asisten daerah ialah bagian pemerintahan, bagian hukum, bagian perekonomian, bagian bina sosial, bagian administrasi pembangunan, bagian umum dan bagian perlengkapan
Bupati/wali kota dalam membina wilayah dibantu oleh muspida (musyawarah pimpinan daerah), yang terdiri:
- Komandan kodim (komando distrik militer),
- Kapolres (kepala kepolisian resort),
- Kepala kejaksaan negeri, dan
- Kepala pengadilan negeri
Lembaga-lembaga atau instansi-instansi yang membantu tugas bupati/wali kota antara lain:
- Dinas-dinas daerah, seperti kesehatan, pekerjaan umum, pendidikan, dan lain-lain.
- Lembaga teknis daerah seperti Badan Kepegawaian Daerah, Badan Pengawas Daerah, Kantor Kependudukan dan Catatan Sipil, dan lain-lain.
- Polisi Pamong Praja. Tugas polisi pamong praja adalah memelihara ketenteraman dan ketertiban umum serta merupakan penegak peraturan daerah.
- Kecamatan.
- Desa/kelurahan.
a. Struktur organisasi kabupaten
Struktur organisasi kabupaten terdiri atas:
- Pemerintah daerah kabupaten adalah bupati dan dibantu satu orang wakil bupati beserta perangkat daerah.
- Perangkat daerah terdiri atas sekretaris daerah, asisten, dan kepala bagian.
- Bupati dan wakil bupati dipilih secara langsung dalam satu pasangan di daerah yang bersangkutan.
Struktur organisasi kota terdiri atas:
- Pemerintah daerah kota setingkat daerah kabupaten.
- Kepala daerah kota adalah wali kota dan dibantu oleh satu orang wakil walikota.
- Wali kota dan wakilnya dipilih secara langsung dalam satu pasangan melalui pemilihan langsung kepala daerah (pilkada). Pelaksana pilkada ialah Komisi Pemilihan Umum Daerah (KPUD)